所以我还是想再拿这个问题反问楼主一遍:凭什么我方用得魔法去侦查,敌方用不得魔法去反侦查?如果敌方用得 那谈何破坏剧情?
因为这样就有些军备竞赛了吧,最后可能就会把一个探案推理的剧情变成法术研究和对撞了,一些靠信息撬开npc的嘴的剧情也会变成惑控法术能不能中。比如某个boss要逃出城外,原先的设计可能是玩家追查脚印、询问车夫和目击者,如果玩家使用定位魔法就使得整个调查没太大意义了,boss更是两个任意门就完全没办法常规形式追踪了。例子可能不太恰当但反正就这意思 
人要有自知之明,知道把控不来就想办法绕过问题,
对于已经运作中的团插入剧情,作为DM完全知道PC会什么法术,你不需要管那些PC不会且无法获取的法术,只需要关注PC会什么、能做什么,看菜下碟设计魔法攻防,注意NPC的魔法不一定必须是规则书里的法术资源,完全可以由GM随便口胡,比如我前天晚上的团就口胡了一个复盖整个旅馆的沉默术以配合敌人刺客夜袭——于是玩家提前布置的铃铛陷阱触发了但没人听见而胶水陷阱成功黏住了一个敌人;
对于魔法总量特别庞大功能特别繁杂和强大,玩家能掌控的法术数量特别多(自己学的以及能获得的卷轴以及其他道具)的规则,最好不要设计探案推理剧情,如果要设计就设计的开放些只给开端和可能的终点,中间过程有预案但不要死抱预案任由发挥即可;
如果你觉得过于自由可能一步快进跳过整个剧情,并且对于这一点不能接受,那就干脆别在这个规则的团里安置这样的剧情,换个规则尤其是对魔法限制更大、魔法总量更小功能更弱,你能更好把控得来的规则,也是完全可以的,我已经从3r-pf-5e-sw跳了4个规则了,没人规定你一定要在一个规则上吊死。或者放弃这样的剧情也不失为一种选择。